“营改增”的出台目标是解决重复徵税问题；实行差额徵收，理论上减低企业税收负担，提高劳动收入和打破制约现代服务业发展的税製瓶颈。儘管建立在可抵扣基础上的“环环徵收，层层抵扣”的增值税更科学合理，但航运公司取得的增值税进项发票较少，所以抵扣金额也相应较少。部分税负上升的企业负责人表示，作為一般纳税人，税改后公司整体税负负担加重主要体现在增值税的进项抵扣不充分（不少航运公司仅有加油费和船舶维修费可抵扣）和现行税率过高（交通运输业原营业税税率3% ，现增值税税率為11% ）。

首先，生產设备是航运企业最主要的成本，但企业2012年1月1日之前购置的固定资產投资不可抵扣；其次，航运企业劳动资料成本佔总成本的20%左右，而支付给自有职工的薪酬无法抵扣；再次，资金成本、路桥费、房屋租金、保险费等都不能进行抵扣。对航运企业而言，“营改增”后大部分成本构成中的主要事项都不能进行抵扣，而税率大幅提升，最终导致航企税负增加。

消息人士透露，针对“营改增”试点扩围后航运企业税负不降反增的现象，近日船东协会、货代协会、船代及无船承运人协会等三家协会正在联合起草上书国务院的报告。无独有偶，中国欧盟商会(European Union Chamber of Commerce in China)也抱怨称，过去外国班轮公司在很多情况下都在中国免缴营业税，实行新税制后，他们在中国设立的子公司就可能因本身不运营船舶而被视為代理机构进而适用6%的增值税和0.8%的附加费。因此，该商会认為增值税制将增加中国境内的海外航企的国际供应链成本、削弱其市场竞争力，最终使得外资航企在中资航企面前处於弱势。

与此同时，受税收改革政策影响，多家航运企业打著“替政府收税”的幌子从8月1日开始向客户加收6%增值税及相应的附加税费，藉机转移税费负担。据报，近日货代公司均收到达飞、地中海、中海、中远、长荣、三井等航运公司的通知，称自2013年8月1日起，在开具增值税发票后，需要向外贸企业在原有的运费总额上多徵收6%的税费。马士基航运中国区相关人士透露，目前该公司正在就税收改革问题与财税部门沟通，由於一些不确定性因素，该公司决定从8月15日开始加收6%增值税，8月1日至8月14日之间的增值税费用将由该公司来承担。